ZHR składa się z Organizacji Harcerek, Organizacji Harcerzy oraz kół przyjaciół harcerstwa.
Terytorialnie Związek dzieli się na okręgi, będące terenowymi jednostkami organizacyjnymi. Okręgi mogą posiadać osobowość prawną, a ich zasięg terytorialny okręgu obejmuje jedno województwo, o ile Rada Naczelna nie postanowi inaczej.
W skład okręgu wchodzą: chorągiew lub chorągwie harcerek, chorągiew lub chorągwie harcerzy, inne jednostki organizacyjne działające na terenie okręgu.
Organizacjami Harcerek i Harcerzy kierują odpowiednio Naczelniczka Harcerek i Naczelnik Harcerzy przy pomocy powołanych przez siebie Głównej Kwatery Harcerek i Głównej Kwatery Harcerzy.
Gromady zuchowe, drużyny harcerek, drużyny harcerzy, drużyny wędrowniczek, drużyny wędrowników działające na terenie obwodu lub okręgu tworzą hufce żeńskie i męskie.
Hufce żeńskie działające na terenie okręgu tworzą chorągiew harcerek, hufce męskie działające na terenie okręgu tworzą chorągiew harcerzy.
Chorągwie harcerek tworzą Organizację Harcerek, chorągwie harcerzy tworzą Organizację Harcerzy.
Kręgi harcerstwa starszego i kręgi instruktorskie są powoływane na wniosek zainteresowanych. Kręgi instruktorskie powołuje Naczelnictwo.
Pracą gromady, drużyny kieruje drużynowa lub drużynowy, pracą kręgu harcerstwa starszego – prowadząca lub prowadzący krąg, a kręgu instruktorskiego – przewodnicząca lub przewodniczący kręgu.
Pracą hufca żeńskiego kieruje hufcowa, hufca męskiego – hufcowy, chorągwi harcerek -komendantka chorągwi harcerek, chorągwi harcerzy – komendant chorągwi
harcerzy – przy pomocy powołanej przez siebie komendy chorągwi.
Dla podtrzymania tradycji środowiska lub wspólnej pracy organizacyjnej i gospodarczej drużyn mogą powstawać szczepy, a w środowiskach, które w danym momencie nie mogą powołać hufca – związki drużyn.
Koła przyjaciół harcerstwa (KPH) działają przy poszczególnych jednostkach organizacyjnych Związku oraz przy Przewodniczącym ZHR. Ich działalność na terenie okręgu koordynuje okręgowy kierownik KPH.